Papa Gregorio VII affidò il monastero alla Congregazione Cluniacense, così che, fino al 1120, gli abati arrivarono direttamente da Cluny.
Famoso per la produzione di libri miniati e per la prestigiosa biblioteca, benemerito per aver bonificato vaste terre e per la costruzione di argini e canali, il complesso acquistò sempre maggiore importanza ed accrebbe il suo raggio di influenza sino a divenire organismo sovranazionale.
Il Polirone raggiunse il massimo dello splendore nel '500, quando, fra gli altri, furono ospiti del monastero Martin Lutero (1510-11), Giorgio Vasari (1566), Andrea Palladio (1567), Torquato Tasso (1582), nonché Giulio Romano e Paolo Veronese che in esso lavorarono.
Nel '600, con le guerre e la peste, iniziò il declino del monastero, finché nel 1797 Napoleone ne determinò la soppressione.
Dalla conseguente decadenza il complesso è stato riscattato di recente, ricuperando tre chiostri, il refettorio ornato da un grandioso affresco del Correggio, l'infermeria nuova ed altri ambienti in cui sono stati allestiti un Museo dell'Abbazia ed un ricco Museo della civiltà contadina.
Dalla decadenza si salvò la basilica, divenuta chiesa parrocchiale.
Essa si presenta nella veste smagliante datale da Giulio Romano nel '500, a tre navate con cappelle, deambulatorio e cupola ottagonale; del secolo XVI sono anche le statue in cotto di Antonio Begarelli, lo splendido coro ligneo e la monumentale sagrestia. Vi sono annessi un piccolo museo e l'oratorio di Santa Maria, in cui si ammira il mosaico pavimentale figurato del 1151.